Научная работа кафедры ведется по нескольким темам, охватывающим систематику, морфологию, ультрастуктуру, развитие, молекулярную биологию, филогению и экологию беспозвоночных животных. Сотрудники кафедры ведут активные научные исследования, в которых участвуют студенты и аспиранты. По инициативе сотрудников кафедры издается научный журнал Invertebrate Zoology, который выходит два раза в год и публикует статьи на русском и английском языке. Электронная версия журнала опубликована в интернете в свободном доступе.