Учебный процесс кафедры складывается из общих курсов, которые сотрудники кафедры ведут для биологического и других факультетов МГУ, и многочисленных спецкурсов для студентов, выбирающих зоологию беспозвоночных как основную специализацию при обучении в бакалавриате и магистратуре. В настоящее время обучение на кафедре проходит согласно учебному плану, утвержденного в 2016 году.

   В бакалавриате студенты учатся со второго по четвертый курс. После второго курса студенты проходят летнюю учебную практику по зоологии беспозвоночных на Беломорской биологической станции МГУ им. Н.А. Перцова. В конце третьего курса студенты защищают курсовую работу по литературным источникам.  Летом студенты проходят полевую практику, которая состоит из пяти разделов. Раздел «Биология беспозвоночных пресных вод» проходит на базе биологической станции «Глубокое Озеро» Института Проблем Экологии и Эволюции РАН. Остальные разделы летней полевой практики: «Паразитология», «Планктонология», «Бентология» и «Молекулярно-биологические методы в зоологии» проходят на базе Беломорской биологической стнации МГУ им. Н.А. Перцова. После четвертого курса студенты защищают БАКАЛАВРСКУЮ ДИССЕРТАЦИЮ. С 2014 года за лучшую бакалаврскую работу студентам присуждается премия INVERTEBRATA. В конце четвертого курса студенты сдают государственные экзамены и получают диплом о высшем профессиональном образовании с присвоением степени бакалавра по специальности зоология.

   Магистратура продолжается два года. Во время обучения студенты проходят зимнюю практику на базе Российско-Вьетнамского тропического центра. В конце второго года магистраутры студенты сдают государственные экзамены, защищают МАГИСТЕРСКУЮ ДИССЕРТАЦИЮ и получают диплом о высшем профессиональном образовании с присвоением степени магистра по специальности зоология.

   Лучшие студенты могут продолжить свое обучение в аспирантуре, которое длится четыре года. В магистратуру, аспирантуру и докторантуру кафедры могут поступать и выпускники других высших учебных заведений России. Информацию о поступлении смотрите на сайте биологического факультета.