Основы научной иллюстрации и 3D визуализация в зоологии

Обязательный курс

Вид отчетности – экзамен

Часов в неделю – 7+2

Отв. за курс: Е.Н. Темерева

Преподаватели курса: Е.В. Богомолова, П.А. Белова, Е.Н. Темерева, Н.Н. Римская-Корсакова

Программа курса:

Введение: Современная научная иллюстрация – важная составляющая научной работы. Получение и подготовка информативных и одновременно красивых иллюстраций – основа морфологических работ в области зоологии беспозвоночных. В курсе освещены основные этапы получения, обработки и компиляции научных иллюстраций, необходимых для подготовки бакалаврской диссертации.

I. Основы зоологического рисунка (отв. Е.В. Богомолова)
1. Теоретическая часть
1a) исторический аспект: иллюстрации в научной литературе 17-18 веков
1б) основные типы научной иллюстрации: рисунки, схемы, фотографии т.д.
1в) Основные принципы зоологического рисунка
1г) основные принципы схематических изображений в зоологии
2. Практические навыки работы с зоологическим рисунком
2а) Освоение основных графических программ, позволяющих составлять схемы и научные рисунки
2б) Работа с рисовальным аппаратом
2в) Основы работы с графическим планшетом

II. Макросъемка как метод изучения внешнего строения живых и фиксированных объектов (отв. Е.Н. Темерева [С.А. Белорусцева])
1. Теоретическая часть
1а) Основные правила работы с живыми объектами
2б) Особенности макросъемки в естественной среде: нюянсы, проблемы, подходы решения
2в) Макросъемка в лабораторных условиях
2. Практическая работа
2а) Основы работы с крупными объектами
2б) Использование стереомикроскопов для получения изображения внешнего вида животных, вскрытий и деталей анатомии внутренних органов.

III. Сканирующая электронная микроскопия и компьютерная микротомография как метод изучения тонкой морфологии и анатомии фиксированных объектов (отв. Е.Н. Темерева)
IIIa) Объекты, область применения, получаемые результаты, основы пробоподготовки (П.А. Белова, А.В. Пахневич)
IIIб) Компьютерная микротомография как способ 3D визуализации (П.А. Белова, А.В. Пахневич)

IV. Создание трехмерных моделей по сериям гистологических срезов (отв. Н.Н. Римская-Корсакова)
1. Теоретическая часть
1а) Объекты
1б) Область применения
1в) Получаемые результаты
1г) Основы проб подготовки
2. Практическая работа
2а) Основы работы со световым микроскопом: настройка микроскопа для съемки на фазовом контрасте, с помощью оптики Номарского (DIC) и на темном поле. Ознакомление с настройками программы Leica PC Suite и т.д.
2б) Основы фотографирования гистологических срезов.
2в) Использование больших увеличений для визуализации мелких структур. Создание панорам срезов.
2г) Обработка фотографий срезов: формирование стека и выравнивание
2д) Основы работы в программах 3D реконструкций. Построение моделей в программе Fiji (ImageJ) и ознакомление с другими платными версиями программ (Amira, Imaris).

V. Лазерная конфокальная сканирующая микроскопия и (иммуно)цитохимия как метод визуализации внешней морфологии и анатомии у мелких объектов, а так же отдельных систем органов крупных животных (отв. Е.Н. Темерева)
1. Теоретическая часть
1а) Основы (иммуно)цитохимии
1б) Основы лазерной конфокальной микроскопии (Л.П. Незлин)
1в) Объекты
1г) Область применения
1д) Получаемые результаты
1е) Основы пробоподготовки
2. Практическая работа
2а) Основы работы со стопками изображений, подучаемых при помощи лазерного конфокального микроскопа
2б) Освоение главных функций программы Image J. построение Z-проекций
2в) Некоторые возможности программы Amira: построение 3D, Voltex, LabelField, 3D-rotation и т.д.

VI. Подготовка таблиц изображений для бакалаврской диссертации (отв. Е.Н. Темерева)
Основы работы в программе Photoshop: размер изображения, части изображения, характер изображения, работа в слоях, унификация текстовых и схематических обозначений на изображениях, масштабирование и т.д.